南通市医学会原称南通市分会，成立于1934年7月，瞿立衡担任会长，当时有会员20余人，均为南通医学院附属医院医师，以后不断吸收地方开业医师为会员，共20余人，在现通大附院原西楼下图书馆内。1938年抗日战争爆发，附院迁至重庆，学会活动停止。1946年迁回南通。中华医学会总会于1950年召开第十六届会员代表大会，瞿立衡会长出席了会议，回来后，在现通大附院召开会议，传达了总会的精神，并宣布分会工作正式恢复。至文化大革命期间医学会工作逼迫停止。护理学会成立于1953年，文革期间停止。1979年4月恢复了医学会、护理学会的正常工作，并成立了中医学会、药学会。根据中华医学会总会整顿理事会的原则和方案精神，结合我市学会的具体情况，分别对医学会、护理学会、中医学会和药学会的理事会进行了调整、充实，健全了组织。医学会理事会由48人组成，下设内、外、妇、儿、五官、卫生防疫、检验、放射和基础医学等九个学组；护理学会理事会有26人组成，下设内、外和教学行政三个学组；中医学会理事会有25人组成，下设内、外、妇、儿和针灸五个学组；药学会理事会有17人组成，下设药理、药剂和中药三个学组。
1982年成立了南通市中西医结合学会，理事会11人。1989年成立了南通市针灸学会，理事会28人。1989年成立了南通市预防医学会，理事会28人，下设卫生学会、流行病学会、妇幼卫生学会、卫生检验学会。1990年成立了南通市抗癌协会，理事会23人。
1984年市人事局编制委员会批准成立南通市医学会机构（学会办公室），职责范围包括医学、护理、中医、药学、防痨、中西医结合、生理、解剖、卫生经济、微生物、卫生统计等学会工作任务。本机构核定编制为6人。多年来学会在市卫生局、市科协、市民政局的领导下，牢记学会宗旨，坚持正确的办会方针，团结一致，同心同德，克服困难，在组织建设、学术交流、继续医学教育、科技咨询、科学普及、学术期刊、医疗事故技术鉴定工作等方面取得了一定的成绩。学会组织机构得到了不断的发展。医学会下设专科学会31个，会员5000多名；护理学会下设专业委员会11个，现有中华护理学会会员1022人，江苏省护理学会会员2685人，南通市护理学会会台风3641人；抗癌协会下设专业委员会6个；中医学会下设10个专业委员会。各专科学会专业委员会每年开展学术活动1～2次，学术气氛活跃，为提高我市广大医务人员的业务技术水平、促进学科发展作出了积极的贡献。